Xã Mỹ Thành Bắc tiếp giáp xã Hậu Mỹ Bắc B, xã Hậu Mỹ Bắc A ở phía tây, tiếp giáp xã Hậu Mỹ Trinh ở phía tây nam, tiếp giáp xã Mỹ Thành Nam ở phía đông nam, tiếp giáp xã Thạnh Lộc ở phía đông và đông bắc.[3]

Các kênh, rạch chảy qua địa bàn xã gồm: Kênh 9, Kênh 10, Kênh 500, kênh 1 Tháng 5, kênh Ba Thước, kênh Bảy Thường, kênh Cả Gáo, kênh Cà Nhíp, kênh Cấp 2, kênh Chùa, kênh Đầu Ngàn, kênh Đìa Muồng, kênh Một Thước, kênh Ngang, kênh Nguyễn Văn Tiếp, kênh Ranh Cái, kênh Thầy Nô.[4]